Menjadi Perguruan Tinggi yang unggul dan terkemuka dalam Pemaduan dan Pengembangan Keislaman dan Keilmuan bagi Peradaban adalah visi UIN Sunan Kalijaga. Pencapaian tersebut tidak bisa lepas dari rekognisi dari BAN-PT (Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi) yang memiliki tugas dan kewajiban dalam mengawasi dalam penyelenggaraan pendidikan di perguruan tinggi di Inodonesia. Akreditasi BAN-PT mengacu pada standar nasional pendidikan tinggi. Dalam pengembangan kriteria akreditasi, SN-Dikti dijadikan sebagai acuan utama. Kriteria akreditasi dijabarkan ke dalam elemen penilaian dengan mempertimbangkan interaksi antar standar dari SN-Dikti yang mengukur capaian mutu pendidikan tinggi. Mengingat akreditasi tidak hanya menilai pemenuhan (compliance), namun juga menilai kinerja (performance) perguruan tinggi, maka penilaian akreditasi mempertimbangkan capaian standar pendidikan tinggi yang disusun dan ditetapkan perguruan tinggi yang melampaui SN-Dikti. Penilaian akreditasi dilakukan dengan menggunakan data dan informasi yang tersedia pada Pangkalan Data Pendidikan Tinggi (PDDikti).

Prodi Studi Agama-agama telah mendapatkan akreditasi A dengan nilai 365 dari akreditasi nasional BAN-PT. Untuk meningkatkan kualitas dan nilai akreditasi, maka prodi SAA akan mengikuti akreditasi internasional FIBAA sebagai wujud kontribusi SAA untuk UIN sunan Kalijaga dengan berdasar pada slogan UIN Suka untuk Bangsa, UIN Suka Mendunia. Dengan demikian, prodi SAA berupaya semaksimal mungkin untuk mempelajari dan menyusun instrumen-instrumen terkait akreditasi tersebut.

Pada tanggal 22 Oktober 2021, Prodi SAA mengadakan kegiatan Workshop Penyusunan Akreditasi. Narasumber pada kegiatan ini adalah dr. Titi Savitri Prihatiningsih, M.Med.Ed., Ph.D ., Dosen Universitas Gajah Mada. Materi pada kegiatan ini adalah terkait tentang akreditasi FIBAA.